Данные оприходования в 1с после передачи в ВТ магазин расходятся, как я понял цены в оприходовании Вт магазина берутся из базы ВТ магазина, а не с 1с.
Иначе не как ?
На данный момент это действительно так. При обработке входящего документа "Оприходование остатков" цены товаров берутся из базы магазина, а не из входящего файла. Автоматически переоценить товар сейчас можно при помощи передачи из 1С приходной накладной с новыми ценами.