Причины могут быть следующие.
1. Аппаратный сбой в работе РШК. Т.е. хаотическое искажение данных в РШК. Выяснить это можно сравнив данные в поле "Учет" таблицы базы товаров и показание контрольных лент, взяв определенный период времени за который произошел сбой. Для устранения сбоев такого характера достаточно давно (порядка года) был проведен ряд доработок прибора. После чего жалоб на данные сбои больше не поступает. Сейчас в продажу поступают только доработанные приборы.
2. Необходимо также проверить и сами кассы по методикам, которые высылаю Вам на e-mail.
3. Организационная сторона работы с РШК. Может приводить, например, к следующим моментам. После чтение товароучета из РШК при последующем стирании только что прочитанных данных произошла остановка этого процесса (по разным причинам - нарушение связи ПК - РШК, нажали кнопку "Отмена" и т.д.). Если данная ситуация была проигнорирована, то оставшиеся, не до конца очишенные данные, перейдут на следующую смену. Что и приведет к Вашей ситуации - в товаручете содержаться товары, которые за эту смену не продавались.