Информация в контрольных лентах по PLU или по ШК

Покупка в контрольной ленте связана с записанной в РШК номенклатурой по физическому номеру товара в базе РШК. Поэтому при перезаписе базы значение учета и копии КЛ могут стать некорректными. Это происходит, как Вы и указали, при смещении позиций товаров в приборе. Безболезненно может происходить только дописывание базы РШК. А в вообще, более правильно будет считывать данные товарного учета и копий КЛ и производить их очистку перед записью новой номенклатуры.