Если запретить пользователю открывать справочник дисконтных карт убрав соответствующую галочку при настройке прав на категорию пользователей. То программный доступ на удаление добавление дисконтных карт из плагина то же будет не возможен?
Отключение этого права только лишь блокирует пункт меню, который открывает окно справочника дисконтных карт. Никакого запрета на доступ к БД из вне, в том числе и из плагина, это права не накладывает.
Но если Вы во внешнем модуле зададите свой пункт меню, например, для вызова какого-то вашего окна, то этот пункт автоматически попадет в список прав категории пользователей, и доступ к нему точно также можно будет заблокировать.