В новой версии программы (обновление было сегодня) в утилите импорта-экспорта добавлены 2 параметра для ускорения процесса импорта:
параметр "Протокол" для отключения протоколирования процесса и параметр "Отображение хода выполнения процесса" - для отключения полосы прогресса при импорте.
Вы так же можете выполнять импорт поэтапно: сначала справочники, затем - данные о продажах.
Если у Вас импорт данных выполняется периодически, то данные о продажах имеет смысл импотировать только за послений период, т.к. в программе нет возможности их изменения. Для экспорта данных о продажах за промежуток времени можно воспользоваться параметром "Время" в окне программы и указать интервал времени, за который необходимо выполнить экспорт о продажах.