Добрый день, возможно кто-то сталкивался с аналогичной задачей - сделать так, что бы FtpEx работал на клиенте и сервере в независимости от активного сеанса пользователя.
Поскольку сама программа не предназначенна для запуска в качестве службы пришлось пользоваться стандартными windows утилитами. более подробно описано тут http://forum.oszone.net/thread-68513.html
Все работает, но не стабильно. Опытным путем вычислил что файлы больше ~7 мб после 3-4 попыток (причина видимо в плохой связи).
Если кто-то сталкивался с аналогичной задачей и решил ее более грамотно, пишите, буду раз узнать.