Для назначения скидки используется свойство компоненты Скидка (Discount). Скидка может быть назначена только на весь чек. Скидка должна лежать в пределах 0..99 и иметь только целочисленное значение. Пример можно посмотреть в демо-конфигурации, которая идет в поставке - Документ.Чек.Модуль документа.