Уточните, пожалуйста, каким образом производится обновление справочника в БД сервера. Данная ситуация может быть связана именно с обновлением данных, а в частности с обновлением структуры справочника. Дело в том, что информация о привязке кассы к разделу хранится в базе данных, в таблице инфомрации о ККМ. Если ККМ привязана к разделу для нее в БД прописывается ID (идентификатор) этого раздела. Если сначала привязать кассу к разделу, а потом обновить структуру справочника (допустим загрузить его из файла или из 1С), этот же раздел может попасть в БД с иным ID, соответственно связь между ККМ из разделом разорвется. Таким образом, либо необходимо переназначать разделы в настройках кассы после каждой процедуры обновления справочника, либо следить за сохранением значений ID разделов.